Werneuchen besaß nie wehrhafte Befestigungen, eine geschlossene Stadtmauer oder Gräben, trotzdem gewisse Privilegien der Herren von Schwerin vom 11. Oktober 1670. Die ältesten Urkunden sprechen, wenn nur von einem Flecken, aber nie von einer Stadt. Im Unterschied zur Stadt fehlte den Flecken Marktprivilegien und sie entsprachen in ihrer Einwohnerzahl, der Ortsgröße und in ihrer Verwaltungs- und Versorgungsstruktur auch sonst nicht den Kriterien. Flecken gehörten zu den Minderstädten und wurden steuerlich zum platten Land gerechnet. Von großer Bedeutung für Werneuchen wurde, die Bewilligung von 2 Jahrmärkten durch König Friedrich I. unter dem 28. Juli 1717. Werneuchen wurde nun zu den Marktflecken ohne Stadtrecht (unter dem Amt Altlandsberg) geführt.
In der Verwaltung gab es seit dem 17. Jahrhundert in Werneuchen durchgehend Bürgermeister an der Spitze eines Ortsrates, der sich verschiedentlich auch als Magistrat (als Organ der Bürgerschaft, welche aus einen kleinen Kreis besitzender Bürger des Ortes Bürger und Hüfner bestand) bezeichnete. Die Wahl des Bürgermeisters war meist nur reine Formsache, denn neben dem Besitz spielten Verwandtschaftsverhältnisse immer eine große Rolle. Ein Bürgermeister war im Ort immer der wichtigste Amtsträger und in den Kirchenbüchern werden die Bürgermeister entsprechend oft als „Consules“ bezeichnet. Bürgermeister und Rat führten die Sprechstunden für Bürger und Versammlungen gewöhnlich zu den „Dingetagen“ unter freiem Himmel unter der Wröhlinde vor dem Pfarrhaus durch. Mit dem Rügegericht der Wröhe wurden dort zugleich öffentlich örtliche Rechtsfälle z.B. Grenz- oder Viehstreitigkeiten ohne weitere Möglichkeit der Anfechtung getroffener Entscheidungen vor den Bürgern entschieden.
Nach dem Bau der Chausseen erlebten Verkehr und Handel in Werneuchen einen großen Aufschwung und es entstanden beiderseits der durchgehenden Straße viele neue Land- und Gastwirtschaften. Innerhalb von drei Jahrzehnten verdreifachte sich die Einwohnerzahl (1835-450 Einw., 1850-950 Einw. und 1865-1400 Einw).
Werneuchen wurde nun immer öfter in den Amtsblättern der Regierung in Potsdam als Stadt bezeichnet und wurde schließlich durch einen königlichen Erlass 1865 offiziell in die Liste der märkischen Städte aufgenommen. Die Stadt nahm aber zunächst keinen Anteil an der industriellen Entwicklung, da die Fernverbindungen der Eisenbahn den Ort nicht berührten. Erst mit dem überraschenden Bau der Eisenbahn 1898, siedelten sich einige, wenn auch kleine, Industriebetriebe an. Die Bevölkerung hatte sich in Werneuchen im 19. Jahrhundert trotzdem fast verfünffacht (1800-350 Einw., 1900-1708 Einw.).
Die Verwaltung wurde im ersten Rathaus der Stadt Werneuchen Am Markt 6 behelfsweise untergebracht. Als durch Landkäufe und deren Parzellierung weitere Siedlungen bei Werneuchen entstanden (Rudolfshöhe, Amselhain und am Bahnhof), stiegen die Aufgaben der Stadtverwaltung sprunghaft an. Ein im Besitz der Stadt befindliches Rathaus wurde notwendig und so plante Bürgermeister Heggemann um 1910 den Neubau eines Rathausgebäudes gegenüber dem Stadtpark und dem neu errichteten kgl. Postamtes. Der Ausbruch des 1. Weltkrieges, der nachfolgende Zusammenbruch der deutschen Wirtschaft und die Inflation, verhinderten die Umsetzung dieser Pläne. Obwohl mit der Währungsreform des Novembers 1923 der Inflation ein Ende gesetzt wurde und sich die wirtschaftlichen Verhältnisse einstweilig stabilisierten, wurden die Pläne zum Neubau eines Rathauses verworfen. Die Stadt erwarb alternativ von der Witwe Ida Schmidtke 1924 das Gebäude Am Markt 5 mit dem zugehörigen Grundstück für 45.000 Goldmark als zukünftiges Rathaus der Stadt Werneuchen. Dabei wurden 10.000 Mark sofort bezahlt und das Restgeld in Jahresraten, verzinst mit 6%, zu 3.000 Mark abgetragen.